Mediante un análisis exhaustivo del proceso penal, la Corte Suprema de Justicia resolvió en el Auto número 52240 lo siguiente:

Primero, definió la situación jurídica de Álvaro Uribe Vélez con una imposición de medida de aseguramiento de detención preventiva, como presunto determinador del delito de soborno a testigo en actuación penal y fraude procesal. Segundo, esclareció que el exsenador estaría privado de su libertad en el lugar de su residencia o morada. Tercero, ordenó comunicaciones inmediatas al exsenador para constituir la garantía dentro de los tres días siguientes que se fija en una suma que equivalente a cien salarios mínimos legales mensuales. Cuarto, se abstuvo de resolver la situación jurídica del representante a la cámara Álvaro Hernán Prada y finalmente, compulsó copias y se esclareció que, contra ese Auto, el único recurso que procedía es el recurso de reposición.

A grandes rasgos a los magistrados que impusieron esta medida: Misael Rodríguez, quien de todos los magistrados ha sido el que más experiencia en investigación penal posee por su carrera y por su experiencia en casos tan pronunciados en Colombia como lo fueron las “Chuzadas del DAS”. El siguiente, Marco Antonio Rueda Soto, quien es el de más experiencia como juez penal y fue magistrado de la Sala Penal del Tribunal superior de Bogotá. En la mitad está Héctor Alarcón Granobles, quien trabajó en la Procuraduría y se ha desempeñado como abogado asistente, magistrado auxiliar de la Sala Penal, entre otros. Cesar Reyes, el magistrado ponente de la decisión, con experiencia como conjuez en la Sala de Casación Penal de la Corte Suprema de Justicia, consultor y líder en el Sistema Penal Acusatorio del país. Finalmente, se encuentra Francisco Farfán, quien ha sido procurador delegado ante la Sala Penal, director nacional de investigaciones especiales en la Procuraduría General de la Nación y magistrado auxiliar.

Cabe aclarar, que, dentro de este grupo de magistrados, estaba incluida la única mujer; Cristina Lombana Velásquez. Sin embargo, a pesar de que se le habría atribuido por reparto el caso del expresidente Uribe, hubo una recusación por parte del señor Iván Cepeda. Una recusación y un impedimento son las instituciones jurídicas que crea la ley para garantizar la imparcialidad de los jueces y magistrados en el desempeño de su labor, mediante el señalamiento de causales que están en la propia ley. La recusación presentada a la magistrada argumentaba entonces que ella no podría conocer del caso en concreto porque habría trabajado previamente en la oficina de uno de los abogados del exsenador y que, además, cuando había sido militar, el entonces presidente era el jefe máximo de las Fuerzas Armadas. Dicha recusación fue evaluada por la propia Sala de Instrucción y, en consecuencia, la magistrada fue impedida de conocer del caso.   

El tema de la imparcialidad judicial ha sido un aspecto clave que se ha venido discutiendo no sólo en el presente caso sino en muchos otros. En lo que atañe al caso del expresidente, uno de los ejes transversales es el presunto “sesgo” que tiene la Corte para decidir tal y como lo referencia el mismo procesado. Ahora, la pregunta que cualquiera se podría hacer sería: ¿A cuál sesgo de la corte se hace referencia? ¿Por qué?

Así como se evidenció la separación del proceso por parte de una de las magistradas dentro de la Sala, la misma magistrada Cristina Lombana y en todas sus facultades legales, hizo la solicitud pertinente para que se inhabilitara al magistrado reyes (el actual ponente), para que también se alejara del proceso porque si bien es cierto, mediante una carta del 3 de abril, la magistrada le preguntaba al magistrado que si como consultor de la Agencia de Estados Unidos para el Desarrollo Internacional (USAID) sostenía vínculos laborales o personales de amistad con la esposa del congresista Cepeda.

Como el magistrado Reyes y la esposa de Cepeda habían trabajado juntos, para la magistrada Lombana era de vital interés que los funcionarios judiciales tuvieran imparcialidad y transparencia, considerando que el denunciante es Iván Cepeda. Sin embargo, esto no fue considerado por la Sala y según Reyes, “no tiene vinculo de amistad ni con Cepeda, ni con su esposa”. Adicionalmente, hubo otro impedimento que se presentó en el caso del magistrado Héctor Alarcón por haberse manifestado como víctima de Álvaro Uribe por el caso de las chuzadas; este impedimento nunca se dio, por tanto, el magistrado nunca fue apartado del caso.

Continuando, en la entrevista realizada por La Revista Semana al expresidente Álvaro Uribe, él menciona que existe un sesgo de la corte con el magistrado ponente César Augusto Reyes porque éste pasó de ser magistrado auxiliar a magistrado principal tras ser nombrado por funcionarios del tan conocido Cartel de la Toga. Así mismo, se enunció que tanto el doctor Hernández como el exmagistrado Barceló participaron en la votación de la elección del mismo magistrado Reyes. El exmagistrado Barceló, a su vez, fue el magistrado responsable en iniciar las investigaciones en contra de Uribe junto con su llamado a indagatoria.